在战双上个版本“九龙夜航”中，指挥官被空中花园的高层秘密送到了“九龙夜航船”上，灰鸦小队为了援救指挥官与执行任务的突击鹰小队在船上不约而至。然后露西亚和神威分别换装以及女装通过交易会接近掌控整个船上的控制权的华胥，然后营救“曲”，最后却发现真相实则相反。最终两队分别打败了华胥和曲，却意外得知意识塔同源AI的华胥真身其实在不远的“九龙”，船上的只是一个复制品，一切是名叫“维里耶”的在作怪。于是夺回船的控制权后，两个小队带着指挥官准备乘船抵达联合共同体——“九龙”。
新版本“九龙环城”的剧情也就此开始。在主线剧情之前其实有一个视频能承前启后。既为下文灰鸦小队和突击鹰小队加上指挥官在九龙的事情埋下伏笔，也介绍了九龙——一个以光壁隔绝了一切的地方。
在经历一场大战胜利后，两队（灰鸦和突击鹰）队员都比较放松。神威想要库洛姆的镰刀钓鲨鱼，丽芙在海里捞着什么。而库洛姆不仅自己保持谨慎也要求指挥官让灰鸦也紧张起来。然后九龙众之一睚眦出现解释道，系统故障原因不得不停留海上也就解释了丽芙和神威的举动了。在里和露西亚和睚眦反复确定九龙的情况没多久，船到岸了。
船靠岸，港口就飘散着一股诡异的气氛，因为没有人没有机械在运作，像是废弃许久的样子。然后大家按照库洛姆的计划行走，发现了之前有提到的“光壁”，类似于一个信号屏蔽的装置，也是空中花园一直没能发现这座城市存在的原因。在里的分析下这座城市的科技水平不低于空中花园。然后睚眦带着众人准备进入这座城池。街道上依旧空无一人，存在的机器也只是终端。而且帕弥什浓度很低意味着感染体存在的几率也很低。最终大家被天上传来的声音吸引，原来是一张巨大的投影屏幕，上面则是真正的曲——九龙城的掌控者。后续和曲继续聊天的过程中，透露出一个非常重要的消息，升格者准备攻打九龙！突然空中花园的议长哈桑加入聊天想要曲带着九龙一同加入防卫战争中，但被一口否决，正当神威询问原因时，曲偷偷的召集了属下准备将两队人马赶出。
不过两队人马不是吃素的，还是成功摆脱敌人。镜头转到空中花园，哈桑和尼科拉以及赛利卡正商量着对策。哈桑作为议长一直掌管着灰鸦小队对于这次事情还是有大体上的把握。直接命令了赛利卡安排行动，誓要把格式塔的同源AI华胥带回空中花园，最后尼科拉也表示同意。时间推移，天空中柳絮纷飞，有了空中花园发放的血清不是很惧怕高浓度帕弥什病毒的渔夫想要撺掇着水手出海捞鱼，但被拒绝。在渔夫一再骚扰下，水手道出海中感染体的不正常的聚集现象。但是渔夫想着过去这次聚集的“潮”之后出海打鱼。然后被走过来的守林人狄安娜否决。作为守林人狄安娜肯定是要比水手和渔夫懂得多，她这么说让渔夫有些感觉不妙。然后狄安娜道明目的准备借船跟踪海里的感染体，得到了船长的许可。
九龙城内，守卫将两队人马赶出警戒圈外，曲也下达了指令，对于两队在圈外没打算继续攻击也不会妥协和空中花园联合。然后到了九龙废弃的街道上，升格者带着感染体正悄悄行进，加百列、罗兰、拉弥亚、阿尔法和露娜都聚集于此。简单安排之后各自带队入城。另一边不断传来感染体的爆炸声，突击鹰小队两人和薇拉、诺克提、21号组成的三头犬撞见了。
库洛姆表示对于三头犬分开行动无法到位的行为做出质疑。但是被诺克提回击，不久神威也提出异议。就在想要大吵一架时，感染体吸引了他们的注意力，而且这个感染体不一般，是升格者掌控新能量而制造出在了，所以这才让他们放下成见开始战斗。
升格者入侵进度进展缓慢，九龙拥有的力量超乎的加百列的想象，于是罗兰和拉弥亚决定在没有逆元装置的九龙散播帕弥什病毒，好让这其中的机器变成他们的万物，加百列即使不太情愿违背露娜一开始的要求但内心是同意这样的做法的。另一边突击鹰小队战斗区域，两人面对感染体有些棘手，不过还是能解决。其中透露出一个关键点：神威能和卡穆进行简单的对话了。
加百列在弗兰肯斯坦（九龙的一个区域）攻破了构造体军队的防线，并且将其用来撞击光壁，发出阵阵爆炸声，最终加百列找到了破解光壁的方法，就是需要更加强大的能量来轰击出一个空隙。而在不远处的突击鹰听见了爆炸声要赶向加百列所在的地方。
在警戒圈外，空中花园来的调配管在分配构造体军队，灰鸦小队也受到了调遣，但就在这时三头犬的薇拉出现了，对灰鸦小队一顿冷嘲热讽之后消失。众人也没把她的话语放在心上，不过还是有些影响士气，这时丽芙神秘地要求四人都握紧拳头摆成四叶草的形状，然后丽芙在自己的手上画了个笑脸，灰鸦小队和指挥官做了约定一定会再聚。这种美好被感染体的爆炸声打破，战争序幕即将拉开。
九龙废弃的街道上，两名构造体负伤以为要交代掉性命之时，支援部队的布利姬特赶到，她的力量让两人惊讶，觉得她不应该在支援部队，但是她已经厌烦了这样的问题，回答道，总有人要做这份工作，然后帮两人修复损伤。另一边阿尔法一人单挑多个构造体，然后和赶来的灰鸦小队中的露西亚发生争执，然后发生了战斗。不出所料阿尔法像是吕布一样面对灰鸦小队的围攻依旧将露西亚打成残废。这时露娜出现想要把露西亚也变成升格者，却遭到神秘人的阻拦，灰鸦小队趁机逃跑。
九龙外围，接着布姬利特接收了受伤的露西亚，艾拉也应了哈桑议长的召集了加入战场帮忙，而当灰鸦小队询问哈桑援救的神秘人身份时却被告知时努力的结果，依旧不能知晓答案。在永久列车停靠的某个站点，尼科拉和遗忘者首领渡边以及阿迪莱商业联盟达成了一种交易，他们要履行约定抵达九龙进行援助。在九龙外围，随着升格者的攻势越来越猛，渐渐占据了主动权。拉弥亚遵照露娜的指挥来到这片没有逆元装置的地方，用自己独特的压缩喷射传播着高浓度帕弥什病毒，感染了九龙的禄存部队，最后拉弥亚的自言自语也反映了升格者方面的消息十分灵通，对于阿迪莱和渡边将要加入战场的消息了如指掌。
九龙观星台上，这是九龙这座城池最中心最高的地方，是曲和华胥所在的地方。九龙是因“万世铭”计划而建起的联合共同体，而如今作为九龙之主的曲见到其被摧毁得如此不堪只剩下观星台这片净土，心中对于结果早已有了定论，只是不愿华胥亲口告诉她。九龙的力量只剩下至尊——和禄存一样的帕弥什抗性，而且是空中花园最早期工艺制作出来的构造体。这并不能带来多大的改变，曲只能寄希望于能拖一些时间。最终只能全部化为对于帕弥什病毒的低估的感叹了。
九龙外围，升格者拉弥亚释放出更多的帕弥什病毒任其肆虐，大部分的禄存已经成为了感染体。这时突击鹰小队赶到，神威首先站了出来阻止了拉弥亚的下一步行动，准备要杀死拉弥亚，但却被拉弥亚一种巧妙的控制构造体体内帕弥什病毒浓度的手法给钳制。其能保持构造体的意识不被感染以至于依旧是神威的同胞，拉弥亚用这种构造体当挡箭牌，让神威很难下手。然后禄存被突击鹰小队这样的行为感动到了，帮忙开始攻击拉弥亚，以至于让后者释放出了制造的更高浓度的帕弥什病毒掩护自己撤退。
接着，突击鹰小队接到布姬利特的通讯，因为灰鸦小队被困在了光壁内，因此议长决定让露西亚更换新机体——鸦羽加入战场援救。而突击鹰则是被安排帮助露西亚进入核心，但他们也不知道如何打开光壁，从禄存的口中得出光壁只受控于曲，要不只能以暴力方式强行打开。于是两人傻傻地炸开一条裂缝，用身体靠在上面防止缩小然后等待着露西亚的到来。
九龙的一处地方，三头犬小队和升格者罗兰碰上了偷，因为薇拉的缘故发生了内讧被罗兰嘲讽了几句。三头犬也立马同仇敌忾，不过突然的爆炸带来了一种黄金粉末，似乎是黄金之涡的产物，这让罗兰产生了不好的回忆想要快速铲除三头犬小队离开此地。
奥赛兰姆列车上，苏菲亚给渡边和遗忘者士兵不断重复着“下一站是联合共同体九龙。”来调节紧张的气氛。不过渡边是一个极其稳重的人，一直在安排遗忘者部队下车后的战略目标。加上苏菲亚和小男孩，这是一股不可忽视的力量。空中花园，露西亚刚刚醒来就想要爬下床加入战斗，却被哈桑阻止了。但是一同到来的阿西莫夫却并未表态，只是介绍了一款新机型供露西亚选择，但是很可能更换之后就不会再是从前的露西亚了，这在露西亚看来并不是什么代价毅然决然地选择更换去寻找指挥官。
灰鸦小队其余两人和艾拉进入到了光壁内部，他们想要找寻加百列却未发现一丝踪影。除此之外他们发现光壁内外并无区别，但是九龙观星台作为一座高塔还是吸引了他们的注意力，如他们猜测曲和华胥就在其中。不过这是曲派出的至尊到来要驱赶他们。观星台上曲还在为这一寸寸珍贵的文物的安全性考虑，塔下加百列已经开始准备登上观星台，而随后灰鸦小队甩开至尊也来到了塔下。但至尊一直紧跟不舍，在指挥官的安排下，艾拉选择上前阻敌而其余人上塔。
在灰鸦小队上塔时，曲也正好下塔，两边打了个照面。在确定了华胥还在曲的身上时，艾拉松了口气，但是紧接着丽芙传来了个令人震惊的消息，曲也是升格者。但好像她并不是与加百列他们一伙的，而且行事风格完全相反。曲则是想要保存地球上残留的美好像化石一般流传。渐渐地曲说道饯别、接受死亡以及“万世铭”让气氛陡然诡异。果不其然曲安排了埋伏等着灰鸦，指挥官则被灰鸦立马要求跑上观星台。
观星台上，失去了构造体保护的指挥官在曲的眼中看来命如同纸一样薄。正当要结束指挥官的时候，露西亚穿着鸦羽机型出现了。边战斗时露西亚进行着机体的初始化，回归最初始的自己。曲也开始画出“万世铭”的宏伟蓝图：她想让空中花园陨落，格式塔的同源AI华胥就能在地球上创造出一个新的“空中花园”就是九龙，宇宙之中再无定所，九龙就真正地成为了唯一。指挥官不愿曲这么做，露西亚也是。于是和曲开始发生战斗。战斗的结果未知，可以确定的是露西亚即将初始化了，要回归最初的自己。
最终一切归于虚无，一切都结束了。华胥最终还是被升格者给抢夺了过去。但结果已定追究对错不是那么重要了。指挥官和将要进行初始化的露西亚进行了最后一次对话。露西亚并不为自己的选择后悔，她还是很开心地能救下了指挥官，而且她的意识中就是一个小女孩，想要和指挥官一同战斗，想要依靠着指挥官的肩膀以及怀抱。
因为机体已经不能再做任何行动，露西亚只能张开着眷恋双眸盯着指挥官，开始对于未来的憧憬，想象着新的自己又要多久能熟悉，想得越多最后想留下的记忆就剩下的越简单，重复着呼喊指挥官的名字，只想这个能永远存在露西亚的记忆之中，不同的音调、语速以及感觉来重复，即使知道这个在初始化之后将不复存在与脑海当中。
然后露西亚开始假设新的自己会是怎样的性格，她想要成为卡列尼娜那种，也幻想过丽芙、七实和苏菲亚。这时露西亚才是她真正的性格体现，天真、快乐、乐观以及对于明天充满期待。渐渐地，露西亚感觉到了困意，和指挥官道了声再见，下次醒来就是新的露西亚了。
第十二章主线剧情到此告一段落。
