乔纳斯的故事开始于二十世纪七十年代，它是恐怖电影《死亡之齿》的主角，导演约翰阿斯特吕克用这头机械鲨鱼拍出了史上最成功的恐怖电影，乔纳斯（更广为人知的名字是大白鲨）也成为一个传奇。但是，随着时代的发展，通过电脑技术合成的数字模型日渐取代了乔纳斯这种机械怪物，于是它退休了。《机械鲨鱼乔纳斯》的作者贝特朗圣蒂尼以独特的童话视角，接续了大白鲨最后的命运：退休以后的乔纳斯负责在游乐场吓唬游客，逗人开心。但是，随着它越来越老旧，机械事故频出，乔纳斯日渐失去了价值，等待它的只有被废弃的命运。于是在好朋友们的帮助下，在找到妈妈这一信念的激励下，它回到了蓝色海洋。
误打误撞之下，乔纳斯拥有了一个忠诚的好朋友——企鹅圈圈。圈圈是个勇敢、善良的家伙，从一开始，他就克服了内心的恐惧，和乔纳斯成为了朋友。后来，圈圈发现了乔纳斯是头机械鲨鱼的秘密，于是它明白了乔纳斯为什么没有吃掉自己。但是，此刻的圈圈已经能够深刻感受到乔纳斯的善良和无助，于是，它们成为了真正并肩战斗的好朋友。这段故事情节的设定，会给予孩子很多的启发：朋友只在乎真心，而不在乎出身。遵从内心的感受，用真诚和善良去赢得最真心的朋友。
一头温柔的蓝鲸出现了。她为乔纳斯和圈圈讲述了匹诺曹的故事，并且告诉他们，小木偶最后被一位住在南极的蓝发仙女变成了真正的小男孩。听罢，圈圈决定，带乔纳斯到蓝发仙女那里去，让它变成一头真正的大白鲨。遥远的南极大陆，蓝发仙女似乎一直在等待，等待着这两位旅行者。她只轻轻碰了一下乔纳斯的鼻子，转瞬间，肉身就开始急速生长，一头真正的大白鲨出现在浮冰之上，这就是乔纳斯的妈妈。终于，我们的大白鲨找到了自己生命的来源，一个会给予他安全感和幸福感的妈妈，一个让他的生命有了更多意义的母亲。
圈圈不知道乔纳斯是否还认得自己。变身之后，他们的友谊还在吗？乔纳斯慢慢游到圈圈的身边，用脑袋顶起圈圈，把它顶向空中，星光下，圈圈快乐地翻着跟头，发出清脆的笑声。此刻不必多言，友谊永远留在了两个好朋友记忆的深处。依依不舍地告别后，乔纳斯游向了深海，游向了妈妈，去迎接命运未知的挑战，去寻找生命中待解的幸福。
